markdown 由于尚不成熟，所以没有规范。纯粹的 markdown 和 github 版的又不一样，和其他的实现差别还挺大。虽然 markdown 原生支持 HTML博彩平台，但依然略显麻烦。
各种增强功能都在做的，国内有 cmd markdown，作为个人笔记包括发布都挺合适。
但是既然题主提到了 CSS，那我就认为题主对于外观还是有要求的。这时候上面说的实现就显得功能齐全但是样式自定义性不足（当然人家作者在不断的更新）。常见的实现则自定义样式可行却功能不足。
LaTeX 就基本上覆盖了上述需求吧，当然其对于互联网肯定不如 markdown 背后的 HTML 友好了。所以选哪种方案取决于你要做什么。
